1. Вайп сервера лучше делать удалением не целиком всей папки "..\storage_1" , а только содержимого "..\storage_1\data". Можно бить и отдельно - например только машины . Если надо убить и персонажей тогда удаляется и "players.db". В любом случае папку "..\storage_1\backup" (или хотя бы находящуюся там самую последнюю по времени архивации подпапку) следует оставить во избежание того, что сейчас случилось.
2. Ищите в консоли сервера строки (время, разумеется будет другое):
12:01:57 [CE][Hive] :: Initializing of spawners done.
12:01:57 [CE][Hive] :: Init sequence finished.
Если их нет, то в файлах конфигурации синтаксическая ошибка. Например не закрыт тэг <type> в файлах "types.xml" или "events.xml". Если в контейнерах нет рандомного лута (например, не падает лут с зомби) смотрите файл "cfgspawnabletypes.xml". В любом случае стоит для "notepad++" установить плагин "XML Tools" и проверить файлы с помощью его функции "Check XML Syntax Now".
После любых изменениях в файле types.xml стоит зайти на сайт
https://dayztypes.pro/ и загрузить туда свой файл для проверки. Помимо проверки ваш файл будет выдан в наглядном табличном виде, где его удобно редактировать (если сначала включить опцию "I am a developer"). Потом файл можно скачать к себе обратно.