Есть решение, не знаю насколько оно простое в реализации. Система деградации/реставрации.
Создаем набор неразрушимых объектов, скажем, условные железные стены и двери. Найти их сложно, но зато железный забор разрушить нельзя, и если перелезть через него невозможно, весь лут за такими стенами недосягаем.
Железные объекты подвержены деградации и через определенный период времени (например, двое суток) их неразрушимость пропадает (можно визуально добавлять на них эффект ржавчины). Чтобы это исправить, вам необходим определенный расходник - условный ремонтный набор, который позволяет реставрировать вашу крепость и поддерживать ее защиту, но который тратится при использовании.
Баланс в том, что ремонтный набор на сервере лимитирован, причем учитываются все наборы, в том числе и те, что на руках у игрока. Игроки вынуждены его тратить, иначе их защита будет пропадать - всего один испорченный элемент базы делает ее полностью уязвимой. Значит будет необходимость эти наборы постоянно восполнять. Находить, покупать, как угодно. Т.е. это уже элемент экономики.
Чем крупнее ваша база, тем больше потребуется наборов для постоянного обслуживания. Одному человеку будет труднее обшарить всю карту и найти наборы в большом количестве, а значит огромный дворец для одного человека будет поддерживать сложно.
Спавн ремонтных наборов можно привязать к количеству построенных объектов. Сам набор, вероятно, тоже должен иметь срок годности, чтобы он весь не оказался в каком-нибудь закопанном сундуке на краю карты.
Другой элемент баланса - повышенный спавн средств разрушения, чтобы с большей вероятностью наказывать игроков, которые не следят за своими постройками.